19 декабря 2013 года амнистирована. Уголовное дело в отношении Бароновой прекращено.

6 июня 2013 года начались предварительные слушания по «Делу двенадцати» в рамках Болотного дела. Рассмотрением занимается председатель Замоскворецкого суда Москвы Наталья Никишина. Марии Бароновой продлена подписка о невыезде до 24 ноября 2013 года.

23 мая 2013 года защита Марии Бароновой получает обвинительное заключение по «Делу двенадцати», дело выделенное из «большого» Болотного дела. Объем обвинительного заключения составил 2 804 лист.

26 апреля 2013 года Следственный комитет завершил расследование уголовного дела в отношении Марии Бароновой и передал материалы в прокуратуру.

15 апреля 2013 года Следственный комитет отказался приобщить к материалам уголовного дела о «массовых беспорядках» на Болотной площади внесудебное комиссионное психолого-лингвистическое исследование, ставящие под сомнение законность обвинения Марии Бароновой.

14 янврая 2013 года В МосГорСуде отменили постановление судьи Карпова (Басманный суд), который пытался передать рассмотрение жалобы Бароновой на действия следователей ГСУ СКР в Замосковерцкий суд.

16 ноября 2012 года Бароновой предъявлено обвинение в окончательной редакции по части 3 статьи 212 УК РФ. Максимальное наказание по данной статье — до двух лет лишения свободы. По данным СК, следствие располагает видеозаписями, на которых четко видно, как обвиняемая выкрикивает призывы совершать насилие в отношении представителей власти, эти данные также подтверждаются показателями свидетелей.

21 июня 2012 года для Бароновой избрана мера пресечения в виде подписки о невыезде.

18 июня 2012 года Следственный комитет сообщил, что следователи вручили Бароновой уведомление о явке для предъявления ей в ближайшие дни обвинения. По информации от Марии, её собирались обвинить по части 1 статьи 212 УК — организация массовых беспорядков, ей грозило наказание  — от 4 до 10 лет лишения свободы.

11 июня 2012 года следователи провели обыск в квартире Бароновой в ее отсутствие. После обыска в квартире была оставлена повестка на допрос к следователю Следственного комитета по делу о беспорядках 6 мая в качестве свидетеля. Формально Баронова повестку не получала.